Администрацията на НИО е обща и специализирана. 

Дирекциите се ръководят от директори, които се назначават от директора на НИО по реда на Закона за държавния служител.

Общата администрация е организирана в дирекция “Административно осигуряване” (АО), която  подпомага осъществяването на правомощията на директора като ръководител на НИО, създава условия за осъществяване на дейността на специализираната администрация и извършва техническите дейности по административното обслужване.

Специализираната администрация е организирана в дирекция “Инспектиране”, която участва в организирането и провеждането на обучението на  външните инспектори, в планирането, организирането и осъществяването на инспектиране, формира оценка за силните страни в дейността на детските градини и училищата и определя насоките за подобряване.

Стела Мицова – директор на дирекция „Инспектиране” 

Румяна Белчева – държавен инспектор в дирекция „Инспектиране”  

Румяна Гьорева – държавен инспектор в дирекция „Инспектиране” 

Весела Политова – държавен инспектор в дирекция „Инспектиране” 

Доротея Дончева – главен инспектор в дирекция „Инспектиране” 

Катя Кръстева – главен инспектор в дирекция „Инспектиране”

Петър Хаджигерогиев – главен инспектор в дирекция „Инспектиране”

Ина Василева – главен инспектор в дирекция „Инспектиране” 

Иво Пиперков – старши инспектор в дирекция „Инспектиране”