Администрацията на НИО е обща и специализирана.
Общата администрация е организирана в дирекция “Административно осигуряване” (АО).
Специализираната администрация е организирана в дирекция “Инспектиране”, която участва в организирането и провеждането на обучението на външните инспектори, в планирането, организирането и осъществяването на инспектиране, формира оценка за силните страни в дейността на детските градини и училищата и определя насоките за подобряване.
Дирекциите се ръководят от директори, които се назначават от директора на НИО по реда на Закона за държавния служител.
Гл. секретар: Иван Муцевски
Директор дирекция Административно обслужване: Красин Мешев
Директор дирекция „Инспектиране”: Стела Мицова