Администрацията на НИО е обща и специализирана.
Дирекциите се ръководят от директори, които се назначават от директора на НИО по реда на Закона за държавния служител.
Общата администрация е организирана в дирекция “Административно осигуряване” (АО), която подпомага осъществяването на правомощията на директора като ръководител на НИО, създава условия за осъществяване на дейността на специализираната администрация и извършва техническите дейности по административното обслужване.
Специализираната администрация е организирана в дирекция “Инспектиране”, която участва в организирането и провеждането на обучението на външните инспектори, в планирането, организирането и осъществяването на инспектиране, формира оценка за силните страни в дейността на детските градини и училищата и определя насоките за подобряване.
Стела Мицова – директор на дирекция „Инспектиране”
Румяна Белчева – държавен инспектор в дирекция „Инспектиране”
Румяна Томова – държавен инспектор в дирекция „Инспектиране”
Румяна Гьорева – държавен инспектор в дирекция „Инспектиране”
Весела Политова – главен инспектор в дирекция „Инспектиране”
Доротея Дончева – главен инспектор в дирекция „Инспектиране”
Катя Кръстева – главен инспектор в дирекция „Инспектиране”
Надежда Николчева – главен инспектор в дирекция „Инспектиране”
Николая Найденова – главен инспектор в дирекция „Инспектиране”
Петър Хаджигерогиев – главен инспектор в дирекция „Инспектиране”
Ина Василева – старши инспектор в дирекция „Инспектиране”